Siekiant užtikrinti Europos Sąjungos išorinės sienos saugumą, atitinkantį ES ir Šengeno sutarčių reikalavimus, bei palankias keleivių ir krovinių judėjimo per valstybės sieną sąlygas yra būtina sukurti pasienio kontrolės punktų infrastruktūrą. Šiam tikslui pasiekti 2005 m. kovo 21 d. Lietuvos Respublikos Vyriausybės nutarimu Nr. 296 nuo 2005 m. spalio 1 d. buvo įsteigta Pasienio kontrolės punktų direkcija prie Susisiekimo ministerijos. Direkcijos uždaviniai yra organizuoti pasienio kontrolės punktų plėtrą, vykdyti pasienio kontrolės punktų plėtros ir priežiūros užsakovo funkcijas bei turto valdymą, užtikrinti Pasienio kontrolės punktų plėtros strateginio plano įgyvendinimą.
Pasienio kontrolės punktų plėtra įgyvendinama vadovaujantis Lietuvos Respublikos Vyriausybės 2001 m. spalio 1 d. nutarimu Nr. 1176 „Dėl Pasienio kontrolės punktų plėtros strateginio plano“, kuriuo patvirtintos pasienio kontrolės punktų plėtros strategijos įgyvendinimo priemonės.
Šengeno priemonės lėšomis finansuojamas Tarptautinių ir dvišalių PKP modernizavimas pagal Šengeno teisyno reikalavimus.
Direkcijos pagrindinis veiklos tikslas yra pastatyti modernius, šiuolaikiškus pasienio kontrolės punktus, atitinkančius visus ES reikalavimus, užtikrinti patikėto turto valdymą bei jo tinkamą ir efektyvią priežiūrą.