Pasienio kontrolės punktų direkcija prie Susisiekimo ministerijos vykdo pasienio kontrolės punktų ir aikštelių, skirtų transporto priemonėms, laukiančioms kirsti valstybės sieną, stovėti, statybos užsakovo, turto valdymo ir priežiūros, patekimo į pasienio kontrolės punktus organizavimo, taip pat Pasienio kontrolės punktų plėtros strategijos įgyvendinimo priemonių vykdymo funkcijas.
Vienas iš Pasienio kontrolės punktų direkcijos prie Susisiekimo ministerijos (toliau - Direkcija) veiklos prioritetų – tobulinti ir plėsti transporto priemonių, kertančių Lietuvos Respublikos valstybės sieną eilių formavimo, registravimo ir reguliavimo paslaugas.
Direkcija vykdo viešąjį konkursą, kurio tikslas – sukurti ir įdiegti transporto priemonių, laukiančių kirsti Lietuvos Respublikos valstybės sieną, eilių valdymo informacinę sistemą. Informacinė sistema sudarys galimybę iš anksto rezervuoti pageidaujamą valstybės sienos kirtimo laiką pasirinktame pasienio kontrolės punkte (toliau - PKP). Tai sutrumpins laukimo laiką realiose eilėse, nes vairuotojai galės optimaliau planuoti savo keliones arba pasirinkti jiems patogią palaukimo ar poilsio vietą.
Efektyviausias eilių formavimas, registravimas ir reguliavimas panaudojant informacinę sistemą bus tuose PKP, prie kurių yra transporto priemonių palaukimo aikštelės. Tokias aikšteles, be jau veikiančios Kybartuose, planuojama įrengti ir kituose PKP.
Direkcija valdydama ir organizuodama jai patikėto valstybės turto pasienio kontrolės punktuose prioritetinius ir būtinus priežiūros darbus, sudaro reikiamas sąlygas sklandžiam ir nepertraukiamam patikrinimus pasienio kontrolės punktuose atliekančių Valstybės sienos apsaugos tarnybos prie Lietuvos Respublikos vidaus reikalų ministerijos (VSAT) ir teritorinių muitinių (TM) pareigūnų tiesioginių funkcijų vykdymui.
Laisvas patalpas, siekdama jas racionaliai panaudoti bei surinkti lėšų į valstybės biudžetą, Direkcija nustatyta tvarka nuomoja įvairiems ūkio subjektams, kurių veikla leistina PKP. Šiuo metu išnuomotos patalpos muitinės tarpininkų, draudiminei, bankinei, administracinei, dokumentų apdorojimo, sandėliavimo ir saugojimo, neapmuitinamų parduotuvių steigimo ir vykdymo, telekomunikacijų veikloms vykdyti.